2005 - 2008 — O tri e o hexa inéditos

Após mais de dez anos sem títulos nacionais e internacionais, o São Paulo voltou a alegrar sua torcida. Em 2005, a primeira conquista veio no Campeonato Paulista, quando o time dirigido pelo técnico Emerson Leão foi campeão com folga nos pontos corridos.Mas a glória veio nas mãos de Paulo Autuori. Leão deixou a equipe repentinamente para trabalhar no futebol japonês. Com certeza se arrependeu. Nas mãos de Autuori, o São Paulo tornou-se o primeiro clube a ser tricampeão da Copa Libertadores da América. A final foi contra o Atlético-PR – a primeira decisão entre dois clubes brasileiros –, e o time tricolor empatou por 1 a 1 fora de casa e goleou por 4 a 0 no Morumbi, com gols de Amoroso, Fabão, Luizão e Diego Tardelli.O Campeonato Brasileiro ficou de lado, e a campanha foi modesta. A prioridade era o Mundial de Clubes, no Japão, e Autuori e seus comandados não decepcionoram. Na final, vitória por 1 a 0 sobre o Liverpool, gol de Mineiro, e uma atuação inspiradíssima de Rogério Ceni. Mais uma vez para entrar na história, o São Paulo sagrou-se o primeiro clube brasileiro a ser tricampeão do mundo.Em 2006, Muricy Ramalho, discípulo de Telê Santana, voltou ao clube. Logo de cara levou o clube a mais uma final de Libertadores. Dessa vez, porém, a torcida não celebrou o título. Na final, o Internacional levou a melhor no Morumbi, 2 a 1, e empatou no Beira-Rio, 2 a 2, ficando com o troféu inédito na sua história. A resposta veio no Campeonato Brasileiro, e Muricy levou o São Paulo ao título após 15 anos de jejum.Nos dois anos seguintes, a campanha foi a mesma. Em 2007, derrota nas oitavas-de-final da Libertadores para o Grêmio e mais um título brasileiro. Em 2008, derrota nas quartas-de-final da Libertadores para o Fluminense e o sexto título brasileiro. Dessa forma, Muricy fez o São Paulo atingir outro feito histórico: ser o primeiro clube a ser hexacampeão do Brasileiro.